Willard voyage en amont avec un petit équipage de patrouilleurs de la Marine sur un bateau de patrouille de la Marine, rencontrant une série de situations de plus en plus surréalistes et horribles en cours de route. Alors qu'ils s'enfoncent dans la jungle, Willard et son équipage rencontrent divers personnages, dont un lieutenant obsédé par le surf, un officier lecteur de magazines playboy et un groupe de colons français qui ont refusé de partir malgré la guerre. Alors qu'ils s'approchent de l'enceinte de Kurtz, Willard et son équipage sont pris en embuscade par les partisans de Kurtz et faits prisonniers. Willard est amené devant Kurtz, qui est maintenant complètement fou et obsédé par l'idée de guerre et de pouvoir. Le monologue final de Kurtz est une exploration effrayante de la nature de la guerre, de l'humanité et de l'obscurité en chacun de nous.