Le film raconte l'histoire d'un jeune garçon nommé Elliot, joué par Henry Thomas, qui se lie d'amitié avec une créature extraterrestre échouée sur Terre. Elliot et ses frères et sœurs gardent E.T. cachés à leur mère et aidez-le à construire un appareil de communication pour contacter sa planète natale. Comme Elliot et E.T. se rapprochent, ils développent une connexion psychique, leur permettant de ressentir les émotions et les pensées de l'autre. Elliot commence à vivre des événements étranges et magiques, notamment une lévitation et une rencontre avec un pack de vélos. Cependant, le gouvernement prend connaissance de la présence d'E.T. et lance une recherche pour lui. Elliot et ses amis, avec l'aide de leurs vélos, travaillent pour protéger E.T. d'être capturé et l'aider à rentrer chez lui.