Les enfants Baudelaire sont confiés à leur parent éloigné, le comte Olaf, un acteur cupide et manipulateur qui ne veut que l'héritage des enfants. Le comte Olaf maltraite les enfants et les fait vivre dans un manoir délabré tout en les forçant à travailler et à se produire dans sa troupe de théâtre. Les enfants, cependant, sont déterminés à trouver un moyen de sortir de leur situation difficile et à découvrir la vérité sur la mort de leurs parents. Au fur et à mesure que l'histoire se déroule, les enfants Baudelaire doivent utiliser leurs compétences individuelles pour déjouer le comte Olaf et ses complices. Violet, l'aînée, est une inventrice qualifiée qui utilise ses inventions pour aider ses frères et sœurs. Klaus, l'enfant du milieu, est un lecteur et chercheur avide qui utilise son intelligence pour découvrir des indices sur le passé de leurs parents. Sunny, la plus jeune, a un talent pour mordre et utilise ses dents acérées pour aider les frères et sœurs à échapper à des situations dangereuses. Tout au long du film, les enfants rencontrent une série d'événements malheureux, allant d'être forcés de vivre avec un tuteur cruel, d'être poursuivis par un reptile mortel, d'échapper de justesse à un incendie. Malgré les nombreux obstacles auxquels ils sont confrontés, les enfants Baudelaire restent déterminés à découvrir la vérité sur la mort de leurs parents et à trouver un moyen de vivre heureux pour toujours.