L'histoire commence lorsqu'une prophétie prédit qu'un enfant avec une tache de naissance spéciale entraînera la chute de la méchante reine Bavmorda (jouée par Jean Marsh). Pour empêcher cette prophétie de se réaliser, Bavmorda ordonne à son armée de trouver et de tuer tous les bébés nés avec cette marque. Un jour, Willow trouve le bébé alors qu'il est en mission pour livrer une baguette spéciale à une sorcière. Au début, il hésite à s'impliquer dans le conflit, mais après avoir rencontré un brave guerrier nommé Madmartigan (joué par Val Kilmer), il décide de se charger de la mission de mettre le bébé en sécurité. Alors que Willow et ses compagnons traversent un terrain dangereux, ils rencontrent une variété de créatures mythiques et font face à de nombreux défis. Pendant ce temps, Bavmorda envoie son armée après eux, déterminée à capturer le bébé et à éliminer quiconque se dresse sur son chemin.