L'histoire se déroule dans un futur lointain, en l'an 2263. Le mal ancestral, représenté par une entité maléfique nommée le Grand Mal, revient menacer l'humanité et la planète Terre. Pour le combattre, une équipe de scientifiques crée un être humain parfait, doté de pouvoirs extraordinaires et capable de sauver la planète. Cet être est connu sous le nom de "cinquième élément". Lorsque le Grand Mal attaque la Terre, la jeune et belle Leeloo (Milla Jovovich) est créée à partir de fragments du cinquième élément. Elle rencontre alors Korben Dallas (Bruce Willis), un ancien militaire reconverti en chauffeur de taxi. Ensemble, ils doivent retrouver les quatre autres éléments nécessaires pour vaincre le Grand Mal, protéger la Terre et sauver l'humanité. Ils sont aidés dans leur mission par des personnages hauts en couleur tels que Ruby Rhod (Chris Tucker), un animateur de radio excentrique, et le prêtre Vito Cornelius (Ian Holm). Ils doivent également faire face aux machinations du cruel Zorg (Gary Oldman), un magnat de l'industrie qui cherche à s'approprier les éléments pour ses propres fins.